近年来随着气候箱应用范围的不断扩大，该仪器的使用频率也在不断增加。又因为气候箱常用于做种子发芽、微生物培养等试验，为了避免细菌滋生对实验结果造成不良影响，大家应定期做好箱体的消毒工作，主要包括以下几点：
1、利用消毒剂消毒是常用方法之一，但要注意气候箱内有检测温度、湿度的传感器，而消毒剂一般是具有腐蚀性的，使用有可能会造成传感器损坏，因此使用需要特别小心。
2、在条件允许的情况下，可以先用酒精擦拭内壁，通风10分钟，然后在使用紫外线照射30分钟即可。
3、在没有紫外线照射的情况下，一般用70%的乙醇擦洗，然后再用0.1%的新洁尔灭擦洗，可再用高锰酸钾加醛1:1比例熏一遍，熏的过程中，需要千万注意的内容是，混合之后马上离开，然密闭细胞培养室，因为味道具有刺激性，最好在养细胞前消毒，气候箱的底层是不可以放东西的，会影响均匀度，不利于细胞生长的环境。
4、使用甲醛消毒，不过甲醛的特性是有毒，易燃、易爆，且具有挥发性，使用不仅要非常小心，还要避免消毒之后的甲醛残留，因为气候箱内残留甲醛的话会影响细胞的生长。