在各行各业中，为了更深层次的研究相关的内容，在实验室中需要进行大量的实验，而热循环仪作为实验室中常规的实验仪器，其应用频率非常广泛，因此也需要经常对其进行清洗，而热循环仪的清洗主要是针对于样品池、热盖和仪器外表面，因此下面就这三个部分，来分别先容一下其清洗的方法。
1.样品池的清洗方法
先打开盖子，然后用95%乙醇或10%清洗液浸泡样品池5min，然后清洗被污染的孔；用微量移液器汲取液体，用棉签吸干剩余液体；打开热循环仪，设定保持温度为50℃的PCR程序并使之运行，让残余液体挥发去除。一般5～10min即可。
2.热盖的清洗方法
对于荧光定量PCR仪，当有荧光污染出现，而且这一污染并非来自样品池时，或当有污染或残迹物影响到热盖的松紧时，需要用压缩空气或纯水清洗垫盖底面，确保样品池的孔干净，无污物阻挡光路。
3.仪器外表面的清洗方法
清洗仪器的外表面可以除去灰尘和油脂，但达不到消毒的效果。选择没有腐蚀性的清洗剂对热循环仪的外表面进行清洗。
作为一款仪器设备，为了避免污染，清洗是必须要做的，按照正确的方式进行清洗，有助于提高实验的精度，保证实验结果的准确性。而且热循环仪所涉及的行业众多，涉及的领域包括分子生物学、医学、食品工业、司法科学、生物技术、环境科学、微生物学、临床诊断、流行病学、遗传学、基因芯片、基因检测、基因克隆、基因表达等，因此做好热循环仪的清洗工作，是其中非常关键的一步。