新收获的农作物种子，一般都会含有一些杂质，为了提高种子的纯净度，保证种子品质，利于种子安全贮藏，在种子入库前，必须进行清选工作。种子的清选，是以种子的物理特性为其依据，不同种子，它们在大小、形状、长度、比重、表面结枃等方面有所不同，可以利用这些不同，将各种种子与其他杂质分离出来，常用的种子清选方法有如下几种。
(1)种子清选机
小区种子清选机由筛选装置、风选装置、电控装置和支架装置组成。占地小，操作简单，加工净度高，清机方便，能有效地防止混杂，保证种子的纯度。
(2)相时密度清选
相对密度清选法是按种子与混杂物的密度和相对密度差异来清选种子。大小、形状、表面特征相似的种子，其重量不同可用相对密度清选法分离；破损、发霉、虫蛀、皱缩的种子，大小与优质种子相似，但相对密度较小，利用相对密度清选设备，清选的效果特别好；同样，大小与种子相同的沙粒、土块也可被清选除去。相对密度清选法常常用相对密度清选机进行。
(3)窝眼清选
根据种子及混杂物的长度不同进行清选。常用的清选设备是称为窝眼筒或窝眼盘的分离装置。
(4)表面特征清选
依种子和混杂物表面特征的差异进行种子清选。表面特征清选法常用的设备有螺旋分离机，倾斜布面清选机和磁性分离机。