辣椒具有非常好的口感，在日常的烹饪中加入辣椒可以增强食欲，因此一直以来辣椒都是人们非常青睐的蔬菜种类，在我国各地都有栽培。但是随着辣椒用种量的逐年上升，人们发现辣椒生产用种常常会出现发芽率不高的现象，严重影响了辣椒生产的产量和质量，因此为了保证用种安全，在制种的过程中，使用种子发芽箱来检测种子的发芽率是十分关键的一步，能够有效保证辣椒种子具有较高的发芽率。
一般来说辣椒种子发芽与温度、空气、光线等外部发芽条件和种子内部生理条件有关，利用种子发芽箱可以创造种子发芽较为理想的外部种子发芽条件，而避免了外部因素的干扰就能够更加方便分析辣椒种子发芽率低的内在原因。在使用种子发芽箱测定各种不同品质辣椒种子发芽率的过程中，大家分析和总结辣椒种子发芽率低的内在原因，主要有以下3个方面。
1.种子的成熟度不够
种子的成熟度决定了种子发芽力的内在因素。而在实际的采收过程中，由于采收时期不当或是采收后种子后熟不当，导致种子没有达到要求的成熟度，胚没有充分完全发芽，营养物质也没有完全积累，这样虽然采用种子发芽箱创造了种子发芽理想的外部环境条件，但是种子也不会萌发，即使是，能发了也是出芽缓慢、苗弱、不利于成苗。
2.种子储藏不当
种子在储藏期间，如果没有做好储藏工作，储藏期间温湿度不当，就有可能导致种子发芽、霉烂，降低种子的发芽能力，这样的辣椒种子使用种子发芽箱检测，自然发芽率是偏低的。
3.播种前种子处理不当
有时通过种子发芽箱测定后的种子发芽率较高，能够达到98％，甚至更高，但是播种之后仍然发芽率偏低，这可能是因为采用了为通过休眠期的种子或是浸种温度不当、消毒时药量过大浓度过高等导致种子受害，降低了种子活力。