虽然说有严格的规定和标准来约束种子生产企业，而大部分的种子生产企业在种子出厂销售之前也会经过种子检验来确保种子品质，但是在市场上，仍然有不少的步伐商法在制造和销售假劣种子，这样不仅影响了生产企业的利益，同时也损坏了农民的切身利益，而这样的种子用于农业生产，还会带来严重的生产损失，因此未来遏制假劣种子，种子质量检测部门需要利用横格式分样器等检测仪器来开展检测工作，通过确定种子的真实品质，来开展种子打假行动。
以玉米种子打假为例，在检测的过程中，抽样员会打开包装好的某品种玉米种子，倒入专用的容器内搅拌均匀后，再使用横格式分样器将玉米种子分成适量、均匀的3份样品，通过进一步检验种子的水分含量、品种真实性、转基因情况和种子纯度等来确定此种种子是否是伪劣种子，是否符合相关的要求和标准，如果不达标，那么就可以采取有效的措施防治这些不合格的种子流入销售和生产环节。
横格式分样器在种子打假中的应用，虽然主要是用于种子分样，并没有直接参入种子检测工作，但是通过横格式分样器分样得到的样品是否具有代表性，确实真实判定种子各项质量指标的关键，因此如果没有使用横格式分样器来开展种子分样，那么检测到的结果就不能够代表该批种子的真实品质，很难确保种子检验过程中的真实性和公平性，因此横格式分样器分样工作虽然基础和简单，但是也是整个环节中非常重要的一步，同样不容忽视。